Small RNA 是一类重要的体内调节分子，长度在 18-30nt，主要包括 miRNA、 siRNA 和 piRNA。在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用。Small RNA 测序采用 Illumina 测序平台，研究某一物种特定组织在特定状态下的已知 Small RNA，也可发现新的物种或组织特异Small RNA并预测其靶基因，为研究 Small RNA 的功能及此物种的基因调控机制提供了有力工具，已广泛应用于动植物的研究和医学领域。

技术路线

技术路线

分析内容

    1.     数据质控与统计
    2.     miRNA预测
    3.     miRNA 靶基因预测
    4.     miRNA表达分析
          4.1     不同样品表达量对比
          4.2     样本相关性分析
          4.3     样品主成分分析 		    5.     miRNA 差异表达分析
          5.1     miRNA 差异表达分析
          5.2     差异 miRNA 火山图
          5.3     差异 miRNA 表达 M-A 图
          5.4     差异 miRNA 聚类热图
    6.     差异表达 miRNA 靶基因的 GO 和 KEGG 富集分析
          6.1     差异表达 miRNA 靶基因 GO 富集分析
          6.2     差异表达 miRNA 靶基因 KEGG 富集分析

部分分析结果展示

RPM分布图

KEGG Pathway富集条形图

案例解析

组织中miRNA在巴雷特食管非内窥镜诊断中的选择与应用
本研究分析了38例Barrett’s esophagus（BE）和26例正常食管患者内镜时采集的2组独立食管活检组织的miRNA的表达谱，确定了一种可以识别BE患者细胞海绵样本的图谱，AUC为0.93.此外mir-194通过表现遗传在BE样品中表达增加，推测这可能与BE的发病机制有关。

Mir192/194和miRNA启动子区域低甲基化形成mir192-194-2共表达簇

Mir192/194和miRNA启动子区域低甲基化形成mir192-194-2共表达簇


参考文献：
Li X, Kleeman S, et al. Selection and Application of Tissue microRNAs for Nonendoscopic Diagnosis of Barrett’s Esophagus. Gastroenterology, 2018.

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